個人市県民税の税額控除には、調整控除（平成19年度以降）、配当控除、外国税額控除等があり、算出した税額からこれらを控除して納税額を算出します。
平成21年度からは寄付金控除が所得控除から税額控除へ変更されています。
なお、個人市県民税には「政党等寄附金特別控除」の制度はありません
調整控除(令和3年度以降)
税額の計算を行う時は、『所得』から『所得控除』を差し引きますが、所得税と個人市県民税では『所得控除』の中の「基礎控除」や「配偶者控除」などの人的控除の額に差があります。
（例：「基礎控除」・・・所得税：控除額48万円 個人市県民税：控除額43万円 その差5万円）
課税標準額200万円以下
次の（1）と（2）のいずれか小さい額の5パーセント（市民税：3パーセント、県民税：2パーセント）
（1）人的控除の差の合計額
（2）課税標準額
課税標準額200万超
｛人的控除額の差の合計額 -（課税標準 - 200万円）｝ × 5パーセント（市民税3パーセント、県民税2パーセント）
ただし、計算の結果2,500円未満の場合は2,500円（市民税：1,500円 県民税：1,000円）
調整控除の計算について（注意）
ここでいう個人市県民税の「課税標準額」とは、総所得金額、退職所得金額および山林所得金額の課税標準額の合計で、土地等に係る分離長期譲渡所得、分離短期譲渡所得、株式譲渡所得、先物取引所得の課税標準額は含みません。
また、合計所得金額2,500万円超の納税義務者には、調整控除を適用しないこととされました。
所得税と個人市県民税の人的控除の差額 一覧表(令和3年度以降)
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所得控除
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所得税
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市県民税
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差額
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障害者控除
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普通障害者
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27万円
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26万円
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1万円
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特別障害者
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40万円
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30万円
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10万円
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同居特別障害者
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75万円
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53万円
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22万円
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寡婦・ひとり親控除
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旧寡夫控除該当者
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1万円
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旧特別寡婦該当者
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5万円
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未婚のひとり親（父）
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1万円
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未婚のひとり親（母）
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5万円
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勤労学生控除
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27万円
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26万円
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1万円
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配
偶
者
控
除
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一般
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合計所得金額
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900
万円以下
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38万円
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33万円
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5万円
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900
万円超
950
万円以下
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26万円
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22万円
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4万円
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950
万円超
1,000
万円以下
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13万円
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11万円
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2万円
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老人
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合計所得金額
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900
万円以下
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48万円
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38万円
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10万円
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900
万円超
950
万円以下
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32万円
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26万円
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6万円
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950
万円超
1,000
万円以下
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16万円
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13万円
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3万円
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配偶者
特別控除
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配偶者所得
48
万超
50
万未満
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合計所得金額
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900
万円以下
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38万円
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33万円
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5万円
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900
万円超
950
万円以下
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26万円
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22万円
|
4万円
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950
万円超
1,000
万円以下
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13万円
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11万円
|
3万円
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配偶者所得
50
万超
55
万未満
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合計所得金額
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900
万円以下
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3万円
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900
万円超
950
万円以下
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2万円
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950
万円超
1,000
万円以下
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1万円
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扶養控除
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一般
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38万円
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33万円
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5万円
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特定
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63万円
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45万円
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18万円
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老人
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48万円
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38万円
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10万円
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同居老親
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58万円
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45万円
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13万円
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基礎控除
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合計所得金額
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2,500
万円以下
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5万円
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2,500
万円超
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0円
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注意 ：所得税と市県民税の欄が空白の場合、 地方税法の規定によるもので、実際の控除額の差とは異なります。
平成30年度以前の「人的控除の差」については、
(平成24年度から平成30年度)所得税と個人市県民税の人的控除の差額 一覧表
（PDF：50.4キロバイト）
へ
平成31年度と令和2年度の「人的控除の差」については、
、(平成31年度と令和2年度)所得税と個人市県民税の人的控除の差額 一覧表
（PDF：103.8キロバイト）
一覧表へ
配当控除
株式の配当などの配当所得がある時は課税総所得金額等に応じて次の率をかけた金額が税額から差し引かれます。
（注）法人税との二重課税を排除するために設けられた制度のため、配当控除の対象とならないものもあります。
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区分
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利益の配当等
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一般外貨建等証券投資信託以外の証券投資信託等の配当
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一般外貨建等証券投資信託の配当
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課税総所得金額等の1,000万円
以下
の部分に含まれる配当所得
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2.8パーセント
（市民税：1.6％、県民税：1.2％）
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1.4パーセント
（市民税：0.8％、県民税：0.6％）
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0.7パーセント
（市民税：0.4％、県民税：0.3％）
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課税総所得金額の1,000万円を
超える
部分に含まれる配当所得
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1.4パーセント
（市民税：0.8％、県民税：0.6％）
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0.7パーセント
（市民税：0.4％、県民税：0.3％）
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0.35パーセント
（市民税：0.2％、県民税：0.15％）
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住宅借入金等特別税額控除（住宅ローン控除）
所得税の住宅ローン控除を受けている方で、所得税から控除しきれなかった額がある場合は、個人市県民税（所得割）から次の（1）と（2）のいずれか小さい額が控除できます。
（1）住宅ローン控除可能額ー所得税額（住宅ローン控除適用前）
（2）下表の控除限度額
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居住開始年月日
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控除限度額
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平成26年3月31日まで
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所得税の課税総所得金額×5パーセント
（最高97,500円）
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平成26年4月1日から令和3年12月31日まで
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所得税の課税総所得金額×7パーセント
（最高136,500円）※
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※住宅の対価の額または費用に含まれる消費税等の税率が旧税率（5パーセント）の場合の控除限度額は「平成26年3月31日まで」の金額になります。
※税制改正により、居住開始年月日は「平成29年3月31日まで」から「平成31年3月31日まで」に延長されました。
※税制改正により、令和元年10月から令和3年12月までに居住の用に供した場合の控除期間を13年間とするとともに、11年目以降の3年間については、各年において(1)建築購入価格の2/3％、(2)住宅ローン年末残高の1％のいずれか少ない額を控除することとされています。
外国税額控除
外国で所得税及び個人市県民税に相当する税を課された場合に、所得税で控除しきれない額があるときは、一定の方法で外国税額が個人市県民税所得割額から控除されます。
配当割額控除
上場株式等の配当等の所得に対しては配当割として支払の際に20.315パーセント（平成26年以降支払分の所得税15.315パーセント、個人市県民税5パーセント）の税率で分離課税が行われています。
平成16年1月1日から平成25年12月31日までは10パーセント（所得税7パーセント、個人市県民税3パーセント）
上記の配当等の所得については申告しなくてもよいことになっていますが、申告があった場合は、所得割額から配当割額を控除し、控除しきれないものについては充当又は還付されます。
株式等譲渡所得割額控除
源泉徴収を選択した特定口座内の上場株式等の譲渡に係る所得に対しては株式等譲渡所得割として支払の際に20パーセント（平成26年以降支払分の所得税15.315パーセント、個人市県民税5パーセント）の税率で分離課税が行われています。
平成16年1月1日から平成25年12月31日までは10パーセント（所得税7パーセント、個人市県民税3パーセント）
上記の譲渡に係る所得については申告しなくてもよいことになっていますが、申告があった場合は、所得割額から株式等譲渡所得割額を控除し、控除しきれないものについては充当又は還付されます。